История Японии берет свое начало в 11 000—300 гг. до н. э. Японские археологи датируют следующий период — мезолит (для которого характерны охота, рыболовство и сбор растений — 11 000—300 гг. до н. э.). Этот период так же имеет всеобъемлющее название Дзёмон (буквально — след верёвки) по характерному рисунку на керамике того времени. Во внешних атрибутах синтоистских храмов много общего, но это объясняется тем, что история единого японского государства насчитывает полтора тысячелетия (с IV века н. э.)
В 1603, во время сёгуната Токугава было положено начало изоляции Японии от остального мира в связи с начавшейся торговой и культурной экспансией европейцев. В течение XVII—XIX веков Япония переживала период относительной стабильности и рост культуры. После заключения договора с США в 1854 и открытия портов страна пережила индустриализацию и модернизировала экономику.
После начавшегося в 1860-х обновления Мэйдзи (Мэйдзи исин) и при помощи западных держав Япония создала сильную армию и флот, обеспечив себе господство в Японском и Жёлтом морях, что позволило ей присоединить Корею и Тайвань, вести в 1890-х годах войны с Китаем, а в 1904—1905 выиграть войну с Россией и получить южный Сахалин, курильские острова и Порт-Артур.
В 1930-х годах Япония создала на оккупированных территориях северо-восточного Китая марионеточное государство Маньчжоу-го. Во время Второй мировой войны Япония завоевала огромные территории Азии вплоть до Индонезии, а в 1944 совершила безуспешную попытку вторгнуться в Индию. После ядерной бомбардировки 1945 Япония подписала 2 сентября Акт о безоговорочной капитуляции, согласно которому Японии запрещено было иметь свои вооружённые силы, а юг Сахалина и Курильские острова отошли к СССР.
После 1945 при участии США и стран Европы японская экономика переживала долгий период быстрого роста («Японское экономическое чудо»), основанный на правильной организации труда, поощрении национального капитала (в первую очередь корпораций в сфере автомобилестроения, высоких технологий, производства бытовой техники, химической промышленности) развитии хозяйства в сочетании с сохранением и приумножением национальной культуры и устойчивым экономическим развитием.
С начала 1970-х годов и по настоящее время экономика Японии занимает третье после США и Китая место в мире по объёму ВВП; являясь одним из мировых финансовых центров.
В 1990-х годах Япония переживает период самого низкого за последние 30 лет роста, обусловивший мировой экономический кризис 1997—1999 и вызванный банкротством либо снижением доходов многих корпораций (Mitsubishi, Sony и др.) а также чередой правительственных кризисов: (Рютаро Хасимото, Кэйдзо Обути, Ёсиро Мори (конец 1990-х) не были премьерами и трёх лет).
После победы Либерально-демократической партии Японии Дзюнъитиро Коидзуми на выборах в парламент 2001 страна постепенно принимает меры по выходу из кризиса.
В 2005—2007 Япония — непостоянный член Совета Безопасности ООН.